羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;
重亞硫酸鹽測序并不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號,
TET輔助重亞硫酸鹽測序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通過對5hmC進行糖基化保護(免受TET蛋白的氧化),
而5mC和C被脫氨基成尿嘧啶,進而可以從單個堿基水平鑒定5hmC。
用心服務每一個項目
專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發羥甲基化測序技術的團隊,國內較早推出多種組合的解決方案;
嚴格的TAB-seq文庫構建質控,Bisulfite轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及TAB-seq測序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文;
專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型 | 樣本要求 |
基因組DNA (TAB-WGBS) | 總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TAB-RRBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
TAB-seq | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質量評估 | 過濾掉低質量數據,保證數據質量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估 | 通過內參進行質控文庫 | |
3、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
4、5hmC位點Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態 | |
5、5hmC圖譜分析 | 5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DhMR分析 | 尋找DhMR及注釋 | |
7、差異5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本5hmC變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學整合關聯分析 | 例如與轉錄組關聯分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點挖掘 |
羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;
重亞硫酸鹽測序并不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號,
TET輔助重亞硫酸鹽測序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通過對5hmC進行糖基化保護(免受TET蛋白的氧化),
而5mC和C被脫氨基成尿嘧啶,進而可以從單個堿基水平鑒定5hmC。
用心服務每一個項目
專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發羥甲基化測序技術的團隊,國內較早推出多種組合的解決方案;
嚴格的TAB-seq文庫構建質控,Bisulfite轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及TAB-seq測序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文;
專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型 | 樣本要求 |
基因組DNA (TAB-WGBS) | 總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TAB-RRBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
TAB-seq | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質量評估 | 過濾掉低質量數據,保證數據質量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估 | 通過內參進行質控文庫 | |
3、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
4、5hmC位點Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態 | |
5、5hmC圖譜分析 | 5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DhMR分析 | 尋找DhMR及注釋 | |
7、差異5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本5hmC變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學整合關聯分析 | 例如與轉錄組關聯分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點挖掘 |
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