氧化亞硫酸鹽測序，先將5hmC氧化為甲酰基修飾(5fC)，進而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U，實現(xiàn)DNA 甲基化的精確檢測產(chǎn)品介紹oxBS-seq精確甲基化，單堿基分辨率
5hmC是被認為第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究，具有重要的臨床價值;
重亞硫酸鹽測序不能區(qū)分甲基化5mC和羥甲基化5hmC，實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;
氧化亞硫酸鹽測序，先將5hmC氧化為甲?；揎?5fC)，進而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U，實現(xiàn)DNA 甲基化的精確檢測;
而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現(xiàn)對5hmC單堿基分辨率的檢測，是羥甲基化檢測的金標準方案。
重點技術(shù)及質(zhì)控，用心服務(wù)每一個項目
艾斯團隊專注表觀組學(xué)10年，提供專業(yè)有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊，國內(nèi)較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴格的oxBS文庫構(gòu)建質(zhì)控，氧化率>90%, Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;
專業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計
從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析;
每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通，以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型
樣本要求
基因組DNA (WGBS + oxWGBS)
總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量
基因組DNA (RRBS + oxRRBS)
總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量
基因組DNA (TBS + oxTBS)
總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量
細胞、全血、新鮮冷凍組織等
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
信息分析
oxBS-seq
分析內(nèi)容
備注
標準分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、氧化率及亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化率評估
通過內(nèi)參進行質(zhì)控文庫
3、與參考基因組比對
比對率和覆蓋度分析
4、5mC/5hmC位點Calling
評估胞嘧啶甲基化狀態(tài)
5、5mC/5hmC圖譜分析
5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布
6、組間差異DMR/DhMR分析
尋找DMR/DhM及注釋
7、差異5mC/5hmC基因分析
DMG富集分析GO，KEGG
8、多樣本聚類分析
PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規(guī)律
高級分析
9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析
10、其它定制化分析
結(jié)合課題背景亮點挖掘
產(chǎn)品介紹oxBS-seq精確甲基化，單堿基分辨率
5hmC是被認為第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究，具有重要的臨床價值;
重亞硫酸鹽測序不能區(qū)分甲基化5mC和羥甲基化5hmC，實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;
氧化亞硫酸鹽測序，先將5hmC氧化為甲?；揎?5fC)，進而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U，實現(xiàn)DNA 甲基化的精確檢測;
而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現(xiàn)對5hmC單堿基分辨率的檢測，是羥甲基化檢測的金標準方案。
重點技術(shù)及質(zhì)控，用心服務(wù)每一個項目
艾斯團隊專注表觀組學(xué)10年，提供專業(yè)有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊，國內(nèi)較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴格的oxBS文庫構(gòu)建質(zhì)控，氧化率>90%, Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;
專業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計
從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析;
每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通，以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型
樣本要求
基因組DNA (WGBS + oxWGBS)
總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量
基因組DNA (RRBS + oxRRBS)
總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量
基因組DNA (TBS + oxTBS)
總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量
細胞、全血、新鮮冷凍組織等
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
信息分析
oxBS-seq
分析內(nèi)容
備注
標準分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、氧化率及亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化率評估
通過內(nèi)參進行質(zhì)控文庫
3、與參考基因組比對
比對率和覆蓋度分析
4、5mC/5hmC位點Calling
評估胞嘧啶甲基化狀態(tài)
5、5mC/5hmC圖譜分析
5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布
6、組間差異DMR/DhMR分析
尋找DMR/DhM及注釋
7、差異5mC/5hmC基因分析
DMG富集分析GO，KEGG
8、多樣本聚類分析
PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規(guī)律
高級分析
9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析
10、其它定制化分析
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