羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用產(chǎn)品介紹羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
并且在較近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究，具有重要的臨床價值;
5hmC化學捕獲測序(5hmC-Seal)通過點擊化學、生物素標記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72)，
減少了基于亞硫酸鹽測序?qū)NA損傷，降低了DNA輸入量的要求,
滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測;
普遍用于: 1) 發(fā)育和疾病甲基化機制研究; 2) 復雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預后; 3) cfDNA羥甲基化檢測、液體活檢等臨床應用。
重點技術及質(zhì)控，用心服務每一個項目
專注表觀組學10年，提供專業(yè)有價值的羥甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測序技術的團隊之一， 國內(nèi)較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;
從樣本采集、cfDNA提取、建庫測序的完整cfDNA羥甲基化檢測方案;
低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫構建重點技術;
自動化樣本處理、建庫及分析流程，保障高效周期，40天極速交付;
已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動物羥甲基化測序及分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類型和要求
樣本類型
樣本要求
基因組DNA
總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
血漿/血清/cfDNA
建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA
細胞、全血、動物組織等
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
數(shù)據(jù)分析
Seal-seq
分析內(nèi)容
備注
標準分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、與參考基因組比對
測序Reads 在基因組上的分布
3、5hmC Peak峰Calling
5hmC富集區(qū)域鑒定
4、5hmC Peak圖譜分析
5hmC Peak在基因組，染色體，功能元件上的分布
6、組間差異5hmC Peak分析
尋找DhMR及注釋
7、差異5hmC Peak基因分析
相關基因GO，KEGG富集分析
高級分析
8、多組學整合關聯(lián)分析
例如與轉錄組關聯(lián)分析
9、其它定制化分析
結合課題背景亮點挖掘
產(chǎn)品介紹羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
并且在較近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究，具有重要的臨床價值;
5hmC化學捕獲測序(5hmC-Seal)通過點擊化學、生物素標記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72)，
減少了基于亞硫酸鹽測序?qū)NA損傷，降低了DNA輸入量的要求,
滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測;
普遍用于: 1) 發(fā)育和疾病甲基化機制研究; 2) 復雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預后; 3) cfDNA羥甲基化檢測、液體活檢等臨床應用。
重點技術及質(zhì)控，用心服務每一個項目
專注表觀組學10年，提供專業(yè)有價值的羥甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測序技術的團隊之一， 國內(nèi)較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;
從樣本采集、cfDNA提取、建庫測序的完整cfDNA羥甲基化檢測方案;
低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫構建重點技術;
自動化樣本處理、建庫及分析流程，保障高效周期，40天極速交付;
已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動物羥甲基化測序及分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類型和要求
樣本類型
樣本要求
基因組DNA
總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
血漿/血清/cfDNA
建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA
細胞、全血、動物組織等
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
數(shù)據(jù)分析
Seal-seq
分析內(nèi)容
備注
標準分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、與參考基因組比對
測序Reads 在基因組上的分布
3、5hmC Peak峰Calling
5hmC富集區(qū)域鑒定
4、5hmC Peak圖譜分析
5hmC Peak在基因組，染色體，功能元件上的分布
6、組間差異5hmC Peak分析
尋找DhMR及注釋
7、差異5hmC Peak基因分析
相關基因GO，KEGG富集分析
高級分析
8、多組學整合關聯(lián)分析
例如與轉錄組關聯(lián)分析
9、其它定制化分析
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