DNA甲基化+轉錄（WGBS/RRBS+RNA-seq）
全基因組甲基化測序通常有WGBS和EM-seq應用方向DNA甲基化+轉錄（WGBS/RRBS+RNA-seq）
全基因組甲基化測序通常有WGBS和EM-seq應用方向全基因組甲基化測序通常有WGBS（Whole-genome bisulfite sequencing）和EM-seq（Enzymatic Methyl-seq），分別通過重亞硫酸鹽和酶處理結合高通量NGS測序，對有參考基因組進行全基因組的單堿基分辨率的檢測方案，廣泛用于人、動植物、魚類及其他低等物種的全基因甲基化研究。針對微量樣本建庫，艾斯基因推出微量WGBS建庫技術，提供全類型樣本甲基化解決方案：包括細胞、全血、新鮮冷凍組織、病理切片FFPE、血漿cfDNA及其它復雜及微量臨床樣本等。
應用領域
01
疾病機制研究（臨床樣本）
（艾斯合作文章） 文章標題：人類皰疹病毒和感染后前體病變胃組織的基因組結構 技術平臺：WGBS、RRBS、WES 樣本類型：25例EBV陽性胃癌患者（EBVaGCs）的唾液、胃粘膜、癌前病變和腫瘤組織 研究結果：通過全基因組甲基化測序，發現正常胃黏膜組織和輕度不典型增生（LD）的甲基化譜較為相似，但兩者與EBVaGCs有顯著差異。相對于正常組織/LD，EBVaGCs中存在6316個差異甲基化區域（DMRs)，其中99.8%處于高甲基化狀態。在所有高甲基化區域里，66.44%與啟動子區域重疊。EBVaGCs中Ras GTPase激活蛋白（RasGAP）家族的RASA3、RASA4、RASAL3基因啟動子區域均為高甲基化狀態，提示這些基因表達沉默可能會促進Ras的激活從而激活下游PI3K-Akt通路，以進一步驅動腫瘤的發展。 
圖1研究流程設計
02
發育機制研究（小鼠樣本）
文章標題：堿基編輯介導的Dnmt基因家族一步失活揭示了小鼠原腸胚形成過程中DNA甲基化的關鍵作用 技術平臺：WGBS、RNA-seq、WGS 樣本類型：不同發育階段的小鼠外胚層細胞 研究結果：該研究建立了小鼠受精卵中基于高效胞嘧啶堿基編輯器的多基因同時敲除系統），并利用IMGZ系統構建Tet/Dnmt家族基因多種組合敲除的胚胎，探討早期胚胎發育中甲基化和去甲基化的作用，發現DNMT家族蛋白介導的DNA甲基化在小鼠原腸運動中的重要作用且不依賴于TET蛋白介導的DNA去甲基化的功能。 
圖1 篩選高效堿基編輯器并分析其脫靶效應
03
植物機制研究（植物樣本）
（艾斯合作文章）
文章標題：DNA甲基化在核桃與核桃楸亞基因組表達優勢中的作用
技術平臺：WGBS、RNA-seq
樣本類型：核桃和核桃楸的葉片和青果皮
研究結果：將兩個物種的基因組劃分為顯性亞基因組（DS）和隨從亞基因組（SS）。將同源基因表達水平、DNA甲基化修飾水平、基因附近四大類型轉座子密度、基因所對應前體mRNA發生的可變剪接事件進行聯合分析，發現DNA甲基化修飾可能通過修飾LTR/TIR/non-TIR這三種類型的轉座子、提高對應前體mRNA的可變剪接效率，從而導致同源基因對的偏向表達。該研究結果有助于了解多年生木本植物亞基因組表達優勢的表觀遺傳學基礎及環境適應性的分子基礎。 
圖1 核桃和核桃楸的亞基因組信息
04
非常規物種機制研究（蟑螂）
（艾斯合作文章）
文章標題：5mC修飾通過防止延長ftz-f1表達來協調絨毛膜的發生和受精
技術平臺：WGBS、RNA-seq、NGS-BSP等
樣本類型：德國小蠊雌性成蟲的六個組織部位（頭、腿、中腸、卵巢、胸腔和被膜）、第一生殖期(8天)的卵巢、dsCK和dsDnmt1處理后的卵巢組織
研究結果：Dnmt1的敲除降低了卵巢中5mC的水平，上調了絨毛膜發生過程中的許多基因，尤其是轉錄因子ftz-f1。在卵巢卵泡細胞中，ftz-f1啟動子區域的低甲基化增加并延長了ftz-f1的表達，從而導致20-羥基蛻皮激素(20E)水平異常升高和基質金屬蛋白酶(Mmp1) 基因的表達顯著上調，引起卵泡細胞的異常、絨毛膜蛋白的缺乏和海綿體的畸形而進一步損害絨毛膜的形成和破壞受精。這項研究極大地促進了對DNA 5mC修飾如何調節昆蟲雌性生殖的理解。
圖1 Dnmt1介導的5mC維持是絨毛膜形成和受精不可缺少 艾斯基因優勢
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