提供cfDNA甲基化多方位技術解決方案
cfDNA (circulating-free cell DNA), 又稱循環 DNA 或無細胞DNA, 是指存在于血漿或血清的細胞外DNA;
ctDNA(circulating tumor DNA)攜帶了腫瘤基因組一定的突變信息(SV、indel、CNV等),
還攜帶表觀修飾信息5mC甲基化和5hmC羥甲基化及結構信息(片段長度、斷裂特征等);
其中DNA甲基化5mC修飾具有獨特的應用價值,普遍用于腫瘤疾病早篩早診、復發預后等應用
基于cfDNA甲基化biomarker篩選技術路線
潛在甲基化biomarker篩選步驟,結合樣本及成本的實際情況,按照以下3種方式進行:
1、以現有的TCGA甲基化芯片數據庫進行篩選潛在的biomarker及建模;
2、從腫瘤組織樣本入手,篩選腫瘤特異性的biomarker,推薦更高性價比的RRBS方案;
3、直接以血漿/血清cfDNA樣本進行WGBS測序篩選biomarker及建模。
在驗證步驟,對潛在的biomarker及模型的驗證,
通常采用靶向甲基化Panel對大樣本血漿/血清cfDNA的臨床驗證。
完整解決方案,服務每一個項目
艾斯基因專注表觀組學10年,提供專業的DNA甲基化完整解決方案;
已經完成3000+例樣本cfDNA甲基化項目經驗;
解決從血液采集保存、cfDNA分離提取(>90%得率),
低至15ng輸入量的微量全基因組甲基化文庫構建,
及cfDNA靶向甲基化Panel定制測序一整套技術方案;
多方位助力cfDNA甲基化biomarker篩選及轉化應用。
技術方案及樣本要求
樣本/文庫類型 | 樣本要求 |
850K甲基化芯片(組織樣本) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
WGBS/RRBS (組織樣本) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
cfDNA WGBS (血漿樣本) | 建議提供1-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
甲基化Panel (血漿樣本) | 建議提供1-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
cfDNA樣本準備注意事項
在體內cfDNA在血漿里核酸酶的作用下,不斷降解消失,
同時新的ctDNA和cfDNA進入血漿中,維持一定的動態和半衰期;
抽血離體之后ctDNA會繼續降解、含量逐步減少,
而來自白血細胞的cfDNA持續進去血漿,進而稀釋ctDNA濃度,降低檢測信號。
因此,在采血、血漿分離及保存運輸,每一步操作都會影響數據的質量
抽血及暫存注意事項 | |
EDTA抗凝管 | 在2-8度冰箱暫放;在8小時內低溫離心分離血漿 |
Streck等采血管 | 在2-8度冰箱或者常溫暫放;在48小時內離心分離血漿 |
注意:全血樣本在分離出血漿之前,千萬不要冷凍保存 | |
血漿分離 | |
采取兩輪離心分離血漿,4℃條件下以 1600g 離心10min, 4℃條件下以 16000g 離心10min; 要求EDTA抗凝管采血管需要低溫條件離心; Streck等采血管建議低溫離心,也可以常溫離心,不受到影響 | |
保存及運輸 | |
分離的血漿存放于-80℃冰箱保存(3年內都可以); 使用干冰運輸。 | |
cfDNA提取產量 | |
cfDNA的含量存在較大的波動及異質性; 一般正常人及腫瘤早期, 5-15ng/ml血漿; 腫瘤晚期或者化療等病人, cfDNA濃度顯著提高 |
為了結果的穩定性和一致性,
我們建議使用Streck等采血管替代普通的 EDTA抗凝管,
對于合作項目,艾斯基因提供專門的采血管!
復制成功
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