淺析DNA簡化基因組甲基化問題

問：什么是表觀遺傳轉化？

A:基因組表觀轉基因主要包括DNA簡化基因組甲基化修飾和核小體中粗蛋白質的修飾等，改變DNA的空間結構或染色體結構，導致基因沉默或過度表達。這兩個公式都是在不改變DNA堿基的種類和數量的情況下，使生物體的表型多樣化。

問：DNA簡化基因組甲基化是什么？

A: DNA簡化基因組甲基化是指在DNA甲基化轉移酶的作用下，將甲基選擇性地添加到細胞陣中，形成5’-甲胺的過程。

問：DNA簡化基因組甲基化修飾的作用是什么？

A: DNA甲基化是所有高等生物中最先發現的表觀修飾，通過改變基因的堿基序列而不改變基因的表達來影響細胞的功能。與基因沉默、X染色體停用、基因組印跡、RNA  I、腫瘤等生物事件密切相關，它們的共同作用機制是調節基因的表達。

問：DNA簡化基因組甲基化類型在其他生物中是否相同？

甲：當然不一樣。原核生物的甲基化多發生在CCA/TGG和GATC序列中，真核生物的DNA甲基化一般只發生在CpG部位，哺乳動物DNA甲基化是CpG島的胞嘧啶，植物甲基化只發生在CpG和CpNpG。

問：CpG島是什么？

答：CpG雙核苷酸在人類基因組中分布不均勻，基因組部分段CpG序列密度高，平均可達5倍以上，即所謂的CpG島。CpG島主要位于基因的啟動子(promotor)和第一Exon地區，約60%的基因包含CpG島。CpG島的GC含量在50%以上，經常出現在真核生物的編碼基因調節區。

問：CpG島為什么要有“P”，而不是CG島？P的特殊意義是什么？

答：CpG是胞嘧啶-磷酸-鳥氨酸的縮寫，P代表磷酸。

問：如何預測CpG島？

答：CpG島地區小，研究更方便，因此很多研究熱點集中在CpG島甲基化狀態研究上。研究CpG島甲基化的前提是確認最合適的CpG島地區。

問：如何驗證特定甲基化部位并分析甲基化程度？

答：利用對照組和實驗組樣本進行甲基化驗證。

(1) MSP方法：可以對特定部位進行甲基化驗證，適用于甲基化芯片結果，不能進行甲基化程度分析。

(2) BSP復制測序方法：確認特定相關基因的甲基化部位，準確計算甲基化程度。(3) HRM方法：適用于大量樣品甲基化驗證，可計算甲基化程度。

(4)焦炭磷酸測序：測序的有效長度不超過60bp，準確定量各CpG部位。

(5)MASARRAY平臺：對單個基因子區域的甲基化檢測每種反應最多涵蓋500 BP的多個CpG位。準確定量各CpG部位。